Fetal anomalilerde danışmanlık perinatal tıbbın en önemli kısımlarından birini oluşturmaktadır. Danışmanlık ailenin bebekte saptanan problemler hakkında bilgilendirilmesi, gerekli diğer branşlar(genetik, çocuk cerrahisi, çocuk kardioloji, çocuk nöroloji vs gibi) ile konsültasyon planlanması ve durumun yönetimi (gebelik sonlandırılması, fetal cerrahi, doğum sonrası hazırlıklar) hakkında bilgilendirmeyi içerir.